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Title: Identificação, caracterização e validação de marcadores minissatélites para o mamoeiro
Authors: Oliveira, Gilmara Alvarenga Fachardo
Abstract: A identificação de polimorfismos em espécies com baixa variabilidade molecular como o mamoeiro (Carica papaya L.) é um desafio para a pesquisa. Assim, o objetivo desse estudo foi identificar, caracterizar e validar o polimorfismo de marcadores minissatélites visando o manejo, conservação e uso dos recursos genéticos do mamoeiro. O genoma depositado no banco de dados foi utilizado para identificação de locos minissatélites com motivos de 6 a 500 pares de bases (pb). Foram identificados 1.730 minissatélites com no mínimo seis repetições (média de 1 a cada 156Kb), cujo conteúdo médio de GC foi de 28,84% e média de 9,27 repetições por loco. Motivos com até 20 bases foram os mais frequentes (71,5%). O polimorfismo de 82 minissatélites foi avaliado em 24 acessos de mamoeiro e comparado com marcadores microssatélites, cujos resultados demostraram a presença de 3,10 e 3,57 alelos por loco, respectivamente. Maior heterozigosidade esperada (He=0,52), observada (Ho=0,16), conteúdo de informação polimórfica (PIC=0,47) e diversidade de Shannon-Wiener (H’=1,10) foi verificada nos microssatélites em comparação com os minissatélites (He=0,42, Ho=0,11, PIC=0,38 e H’=0,85, respectivamente), possivelmente em função do hermafroditismo da maioria dos acessos avaliados. Contudo, a probabilidade de exclusão de paternidade e de identidade foi elevada para ambos os marcadores. Com relação à estrutura populacional, ambos marcadores indicaram a organização do germoplasma em dois grupos (K=2), embora os minissatélites tenham apontado a presença de uma subestrutura (K=4). Este é um dos primeiros trabalhos relacionado ao desenvolvimento de minissatélites para o mamoeiro, cujo menor polimorfismo em comparação com os microssatélites pode ser compensado pelo melhor poder de discriminação dos alelos e maior acurácia na identificação genotípica dos indivíduos.
Identification of polymorphisms in species with low molecular variability, such as papaya (Carica papaya L.) is a challenge for research. The study aimed to identify, characterize and validate the polymorphism of minisatellite markers for the management, conservation and use of papaya’s genetic resources. The genome deposited in database was used to identify minisatellite loci with motifs of 6-500 base pairs (bp). 1730 minisatellites were identified with at least six repetitions (in average 1 out of 156KB), whose average GC content was 28.84% and average of 9.27 repetitions per locus. Motifs with up to 20 bases were the most common (71.5%). Polymorphism of 82 minisatellites was evaluated in 24 papaya accessions and compared with microsatellite markers, whose results demonstrated the presence of 3.10 and 3.57 alleles per locus, respectively. Higher expected heterozygosity (He = 0.52), observed (Ho = 0.16), polymorphic information content (PIC = 0.47) and Shannon-Wiener diversity (H'= 1.10) was observed in the microsatellites comparing with the minisatellite (He = 0.42, Ho = 0.11, PIC = 0.38 and H '= 0.85, respectively), possibly due to the hermaphroditism on most accessions. However, the probability of paternity exclusion and identity was high for both markers. Regarding population structure, both markers indicated the organization of germplasm into two groups (K = 2), although the minisatellites have indicated the presence of a subframe (K = 4). This is one of the first work related to the development of minisatellite for papaya, whose lower polymorphism compared to microsatellite may be offset by its best discriminating power of alleles and greater accuracy in the genotypic identification of individuals.
Keywords: Mamão
Marcador molecular
Melhoramento vegetal
URI: http://hdl.handle.net/123456789/933
Issue Date: 20-Jan-2016
Appears in Collections:CCAAB - Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais (Dissertações)

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