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metadata.dc.type: Dissertação
Title: Diversidade genética e identificação de duplicatas DE MANIHOT ESCULENTA CRANTZ com base em marcadores SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP)
Other Titles: Genetic diversity and identification of duplicates of MANIHOT ESCULENTA CRANTZ based on SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) markers.
metadata.dc.creator: Albuquerque, Hilçana Ylka Gonçalves de
metadata.dc.contributor.advisor1: Oliveira, Eder Jorge de
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Brito, Ana Carla
metadata.dc.contributor.referee1: Oliveira, Eder Jorge de
metadata.dc.contributor.referee2: Ferreira, Cláudia Fortes
metadata.dc.contributor.referee3: Jesus, Onildo Nunes de
metadata.dc.description.resumo: A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma das fontes alimentares mais importantes nos trópicos, e grande parte da sua variabilidade genética é conservada em Bancos Ativos de Germoplasma (BAG). Assim, este trabalho teve como objetivo analisar a diversidade genética e a estrutura populacional de 1.580 acessos de mandioca, bem com identicar genótipos redundantes a partir da análise de 2.371 acessos conservados em diferentes unidades da Embrapa. Todas estas análises foram realizadas com base em marcadores Single-Nucleotide Polymorphism (SNP), obtidos pela técnica de genotyping-by-sequencing (GBS). A média dos parâmetros de diversidade genética, conteúdo de informação polimórfica (PIC), endogamia (f), heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He) foram de 0,24; 0,21; 0,23; e 0,30; respectivamente, tidos como elevados, quando considerado a natureza (predominantemente bialélica) dos SNPs e sistema reprodutivo da espécie. Os valores destes parâmetros foram bastantes similares nos 18 cromossomos da espécie. Em nível de indivíduo, os valores de f variaram entre 0,49 a 0,97, com média de 0,69, sendo que três acessos de mandioca apresentaram f > 0,90. Os valores de desequilíbrio de ligação (LD) se estendeu entre 15 e 20 kb (r2= 0,20). A análise discriminante de componentes principais (ADCP) indicou a formação de 22 grupos, com probabilidade média de alocação dos indivíduos >0,99, contudo, não foi possível observar associação entre os grupos formados pela ADCP e classificação com base em informações fenotípicas, de origem genética e geográfica. Para identificação de duplicatas foi realizado um estudo com base no agrupamento de perfis multilocos (MLGs) nos acessos conservados em diferentes unidades da Embrapa. Foi possível identificar 1.757 acessos únicos e 614 acessos duplicados, cerca de 25,89% do total de acessos analisados, com a redundância variando de 22,47% (Embrapa Amazônia Oriental) a 40,0% (Embrapa Semiárido). Estes resultados proporcionarão um melhor entendimento sobre a variabilidade genética conservada e a organização populacional do germoplasma, uma vez que a presença de acessos duplicados compromete o desenvolvimento do germoplasma, e aumenta os custos necessários para a adequada conservação, caracterização, avaliação e uso destes materiais.
Abstract: Cassava (Manihot esculenta Crantz) is one of the most important food sources in the tropics and much of their genetic diversity is preserved at germplasm collections. Therefore, the objective of this work was to analyze the genetic diversity and population structure of 1,580 cassava accessions, as well as to identify redundant genotypes from the analysis of 2,371 accessions preserved at different Embrapa research units. All these analysis were performed based on Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) markers identified by genotyping-by-sequencing (GBS). Mean genetic diversity parameters, polymorphic information content (PIC), inbreeding (f), observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) was 0.24; 0.21; 0.23; and 0.30 respectively, considered high, considering the predominant biallelic nature of the SNPs and the species reproductive system. The values of these parameters were quite similar throughout the 18 chromosomes of the species. At individual level, f values ranged from 0.49 to 0.97; with an average of 0.69, for three cassava accessions, being f > 0.90. The values of linkage disequilibrium (LD) extended between 15 and 20 kb (r2 = 0.20). The discriminant analysis of principal components (DAPC) indicated the formation of 22 groups, with individual allocation probability > 0.99. However, no association between the DAPC groups and the classification based on the phenotypic and genetic information, as well as the geographical origin, was identified. In order to identify duplicates a study was conducted based on the grouping of accessions according to multilocus analysis (MLGs) from different Embrapa units. 1,757 single and 614 duplicate accessions, approximately 25.89% of the total, with redundancy ranging from 22.47% (Embrapa Amazônia Oriental) to 40.0% (Embrapa Semiarido), were identified. These results will provide a better understanding of the preserved genetic variability and the germplasm population organization, since the presence of duplicates compromises germplasm development and increases the costs of proper conservation, characterization, evaluation and use of these materials.
Keywords: Mandioca
Recursos Genéticos Vegetais
Manihot esculenta Crantz
SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP)
Cultivo da Mandioca
Germoplasma
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA
metadata.dc.language: por
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia
metadata.dc.publisher.initials: UFRB
metadata.dc.publisher.department: Departamento 1
metadata.dc.publisher.program: PPG1
Citation: ALBUQUERQUE, Hilçana Ylka Gonçalves de. Diversidade genética e identificação de duplicatas DE MANIHOT ESCULENTA CRANTZ com base em marcadores SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP). 2017. 112 f. Dissertação (Mestrado) - Curso de Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia - Ufrb, Cruz das Almas, 2017.
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
URI: http://localhost:8080/handle/prefix/1062
Issue Date: 27-Aug-2017
Appears in Collections:CCAAB - Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais (Dissertações)



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